Gustavo, Me contesto a modo de ayuda, en la secuencia de factura tenia la opcion "default". Esto produce saltos cuando hay microcortes de internet. Hay que seleccionar siempre "Sin huecos" o "No Gap". Con esto quedo solucionado.

Gracias!
 

posiblemente alguien esta emitiendo factturas con tu certificado, pero en otra computadora. Me paso un par de veces. Lo primero que tenes que tener  en cuenta es

- si el nro de secuencia del AFIP es mayor al nro de factura que vas a emitir. Si es asi, pueden haber dos problemas. O estas intentando validar facturas, el AFIP les otorga el CAE y vos no capturas. O desde otra máquina estan emitiendo facturas con tu certificado. Por lo general, pasa la situación de validar facturas y no capturar el CAE por problemas de timeout. Eso lo solucionas con el boton de "obtener CAE" que tiene la aplicación

- si el nro de secuencia de AFIP es menor al nro de factura que vas a emitir, definitivamente estas validando sin darle a la factura el CAE otorgado por el AFIP. Posiblemente tengas algun problema de configuración.

Lo primero es entender que problema estas teniendo. Y luego tener tus datos (secuencias y datos de facturas) sincronizados con AFIP. Muchas veces este problema lo tenes no por un problema de configuracíón, sino por problemas mismo de AFIP.