La diferencia es lo que recaudaste en el día. Tenés dos opciones, ejemplo: si al cerrar tenes 10.000 en la caja, tenes que decidir que hacer con ese dinero: si en tu control de efectivo, le decís a odoo "si, efectivamente tengo 10.000, 100 billetes de 100, etc), ahi zanjás la diferencia y podés cerrar la caja. Al día siguiente te reabre con los 10.000 que le dijiste que tenías.
Ahora si ese dinero, lo rendís a un encargado, que lo pasa a la administración, le ponés "coger dinero saliente". Eso genera un apunte contable, sacándo la plata de tu caja y pasándola a una cuenta "caja de administración", la cual tiene que haber sido configurada previamente como cuenta de transferencia en el diario de efectivo.
Si además tenés cuentas de ganancia y perdida configuradas, y cerras con diferencia, te genera asientos contables, reflejando la perdida de ese dinero, con lo que abre en cero al día siguiente. Por lo tanto no recomiendo configurar cuentas de pérdida.