Leo, no sé a que te referís, pero yo pasé de un Ubuntu 12.04 LTS a un 16.04 LTS con un do-release-upgrade, y la verdad que fué todo transparente. Y en el servidor de pruebas hice el mismo cambio con algunos problemas pero lo unico que tuve que hacer fué desinstalar docker-engine, corregir unos paquetes colgantes de Ubuntu, y volver a instalar Docker, si no tocás los archivos locales de Docker, cuando reinstalás, las imagenes están ahi tal cual las dejaste, volves a dar start y sigue todo como si nada, la verdad que es un lujo.