Lo solucione, no encontre la opcion de forma visual.
Pero en el modulo l10n_ar_aeroo_invoice el archivo invoice_report.xml tiene dos campos que son los que hay que cambiar:
<field name="account_invoice_split_invoice" eval="False"/>
<field name="account_invoice_lines_to_split">20</field>
Modificamos el primero a True y en el segundo lugar ponemos la cantidad de lineas por factura
<field name="account_invoice_split_invoice" eval="True"/>
<field name="account_invoice_lines_to_split">40</field>
Con eso y el modulo report_extended_account instalado funciona perfecto. Algo muy importante, en este mismo xml tiene <data noupdate="1"> esto hace que si modificamos el xml y actualizamos el modulo, no actualice el xml. Por lo que hay que cambiarlo a <data noupdate="0"> y desinstalar e instalar el modulo.
Me queda por ver como vincular multiples remitos a multiples facturas, ya que solo las vincula con la primera.
Espero les sea de utilidad.
Saludos